En un principio, como ya se ha podido observar en otros apartados, el motivo principal para la creación de una línea de ferrocarril que les uniera con Barcelona, era el transporte de mineral de las minas de Ogassa y Surroca.

El perfil de la línea era en constante subida desde su inicio hasta las minas, remontando los valles de los ríos Congost y Ter, un recorrido favorable, ya que los trenes de peso iban de bajada, por lo tanto fue desde un principio un handicap importante a la hora de formar los trenes. En esta primera época hubo grandes contratiempos debidos a contínuos enfrentamientos de intereses, por tal motivo, el hecho de que la línea de San Juan tardara tanto en ponerse en marcha (1844-1875).

Pero los intereses se sucederían a lo largo de los años en la proliferación de las dos grandes compañias de ferrocarril de la época, Norte y MZA (Madrid-Zaragoza-Alicante). En la compañia de los caminos de hierro del Norte de España tenían especial interés la família Pereire (de orígen francés), mientras en MZA tenían un especial interés los Rothschild. Y desgraciadamente la compañia de Ferrocarril de las Minas de San Juan (FCMSJ) no fue ajena a las mismas.

Esto viene a colación porque la línea de San Juan para llegar a Barcelona, en el término de Las Franquesas del Vallés unía sus vías a las de BFF (Barcelona a Francia por Figueras - posteriormente incluída en TBF* y MZA) para seguir camino a Barcelona.

De esta primera época se contempla que en la estación de Granollers se ensanchó para ubicar los trenes provenientes del tren de San Juan que no tenían preferencia sobre los de TBF. Al ser entonces línea de vía única convendremos que algunos de esos trenes permanecían durante un tiempo prolongado en los andenes. Lo que no se puede obviar es que el cánon pagado a TBF se consideró abusivo primero por la compañía original y posteriormente por Norte, y por tal motivo se inició, ya en manos de Norte la construcción del ramal de Las Franquesas a San Martín de Provensals (población y posteriormente barrio de Barcelona, desde 1897).

En esos primeros tiempos primaba el transporte de mercancías, por tal motivo la tracción efectiva se realizaba con tal fin con locomotoras a vapor, que se aprovisionaban del mismo carbón que transportaban hasta el puerto de Barcelona (7 locomotoras a vapor 0-4-0 de nueva construcción). En las estaciones de la línea primaba el transporte de mercancías sobre el de pasajeros, por tal motivo se sobredimensionaron las vías de apartadero para los trenes de mercancías. Existían diversos transportes de mercancías aparte de los de carbón, tales como cereales a los molinos, cemento, y sobre todo los productos agrícolar recogidos en orígen por pequeños vagones de dos ejes que eran cargados en los Almacenes de la compañía o pequeñas industrias con ramal propio.

Para el transporte de pasajeros se encomendó la tracció a locomotoras menos potentes y que direon muy mal resultado del tipo 1-2-0, llamadas "las bilbaínas" por proceder del ferrocarril Tudela-Bilbao, posteriormente, con la inclusión en Norte se mejoró el tráfico de pasajeros por la línea, creando pequeños trenes de pasajeros o del tipo omnibus, que circulaban conjuntamente con los de mercancías y eran más cortos.

A principios del siglo pasado, y proveniente de unas primeras tomas de contacto en 1865, los gobiernos francés y español se ponen de acuerdo en realizar varias uniones de sus líneas a través de los Pirineos, resultante de eso es la prolongación a través de los valles del Freser y del Rigard de una nueva línea que uniría la de San Juan con el Transpirenaico procedente de Francia en Puigcerdá y Latour de Carol.

Debido a ello en los años 20 ya se piensa en la electrificación de la línea, primero en su parte más dura, posteriormente en el total de la línea, que se pone en funcionamiento en 1928, curiosamente a 1500 voltios (en Pajares Norte optó por los 3000 voltios).

El traspaso de tracción del vapor a la electricidad llegó tan temprano que prácticamente en la línea sólo ha habido tracción diesel de forma puntual. Así las locomotoras electricas tomaron el relevo de aquellas vaporosas en la línea de San Juan, ya que en la del transpirenaico la tracción a vapor fue testimonial durante su construcción.

Se seguía teniendo una circulación importante de mercancías, pero ya se albiraba el declive de la misma (algunos especialistas argumentan que desde la misma compra de Norte), y se comenzaban a tener tráficos de mercancías y pasajeros internacionales entres las redes española y francesa. Comienza a despuntar el servicio de pasajeros con la adquisición de las primeras unidades de pasajeros (los 300 o "pingüinos) autopropulsadas. En esta línea trabajaron siempre unas pequeñas locomotoras de la serie 1000 en la zona más desfavorable, lo que provocó que fueran la imagen característica de la línea (en la vertiente francesa, sus homónimas de la Compañia de MIDI) con sus trenes del tipo omnibus con dos o tres coches de pasajeros y furgón.

A partir de los años 60 el tráfico de las minas decae y finalmente se cierran las minas. El tráfico de pasajeros sube a 18 trenes hasta el final de la línea, lo que produce un fenómeno extraño hoy día. Los trenes semidirectos que enlazaban las grandes poblaciones y no paraban en según que estaciones y apeaderos, que realizaban el recorrido en tres horas y media (157 kilómetros).

En la última etapa se cierran algunas importantes infraestructuras de la antigua Norte para normalizar el tráfico de ferrocarril por la ciudad de Barcelona. Desaparece la estación de Vilanova y los talleres de San Andres para unir mediante un ramal la línea por la Plaza Cataluña a Sants y terminar servicio en la estación de Hospitalet.

A partir de entonces el principal motor de la línea es el tráfico de pasajeros, y aunque ésta fuera una línea incluida en el Contrato Programa de los años 80 para su cierre, se libró del mismo y después de varias modernizaciones ha continuado el servicio aumentando el número de viajeros hasta nuestros días.