En principi, com ja s'ha pogut observar en d'altres apartats, el motiu principal per a la creació d'una línia de ferrocarril que els unís a Barcelona, era el transport de mineral de les mines d'Ogassa i Surroca.

El perfil de la línia era una pujada constant des del seu inici fins les mines, remontant les valls dels rius Congost i Ter, un recorregut favorable, ja que els trens de pes anaven de baixada, per tant va ser de bon començament un handicap important a l'hora de formar els trens. En aquesta primera època ha van haver grans contratemps deguts a enfrentament continus d'interessos, i és per això que la línia de Sant Joan trigués tant a posar-se en marxa (1844-1875).

Però els interessos es succeirien al llarg dels anys amb la proliferació de les dues grans companyies de ferrocarril de l'època, Norte i MZA (Madrid-Zaragoza-Alicante). A la compañia de los caminos de hierro del Norte de España tenien especial interès la família Pereire (d'orígen francès), mentre que a MZA tenien un especial interès els Rothschild. I malauradament la compañnyia de Ferrocarril de las Minas de San Juan (FCMSJ) no va ser aliena a les mateixes.

Això té a veure perquè la línia de Sant Joan per arribar a Barcelona, al terme municipal de Les Franqueses unia les seves vies a les del BFF (Barcelona a Francia per Figueres - posteriorment inclosa a TBF* i MZA) per seguir camí cap a Barcelona.

D'aquesta primera època es contempla que l'estació de Granollers es va eixamplar per donar cabuda als trens provinents de Sant Joan que no tenien preferència sobre els de TBF. Enesser llavors línia de via única, convindrem que alguns d'aquests trens romandrian per un temps perllongat a les andanes. El que no es pot obviar és el cànon que es pagava a TBF que es va considera abusiu per part de la companyia original i posteriorment per Nord. Es per aquest motiu que la companyia Nord va començar la construcció del ramal de Les Franqueses a e esta primera época se contempla que en la estación de Granollers se ensanchó para ubicar los trenes provenientes del tren de San Juan que no tenían preferencia sobre los de TBF. Al ser entonces línea de vía única convendremos que algunos de esos trenes permanecían durante un tiempo prolongado en los andenes. Lo que no se puede obviar es que el cánon pagado a TBF se consideró abusivo primero por la compañía original y posteriormente por Norte, y por tal motivo se inició, ya en manos de Norte la construcción del ramal de Las Franquesas a Sant Martí de Provençals (població i posteriorment barri de Barcelona, des del 1897).

En aquells primers temps primava el transport de mercaderies, per aquest motiu la tracció efectiva es realitzava per a tal finalitat amb locomotores a vapor, que s'aprovisionaven del mateix carbó que transportaven cap el port de Barcelona (7 locomotorss de vapor 0-4-0 de nova construcció). A les estacions de la línia primava el transport de mercaderies sobre el de viatgers, i per tal motiu es van sobredimensionar les vies d'apartador pels trens de mercaderies. Existien diversos transports de mercaderies a banda del carbó, tals com cereals als molins, ciment, i sobre tot els productes agrícoles recollits en orígen pels petits vagons de dos eixos que eren carregats en els magatzems de la companyia o petites indústries amb ramals propis.

Pel transport de viatgers s'encomanà la tracció a locomotores menys potents, i que van donar molt mal resultat, del tipus 1-2-0, anomenades "las bilbaínas" perquè la seva procedència era el ferrrocarril Tudela-Bilbao. Posteriorment, amb la inclusió a Nord es va millorar el trànsit de viatgers per la línia, creant petits trens de viatgers o del tipus omnibus, que circulaven conjuntament amb els de mercaderies i eren més curts.

A principis del segle passat, i provinent d'unes primeres preses de contacte l'any 1865, els governs francès i espanyol es van posar d'acord en realitzar diverses unions de línies a travers els Pirineus, resultant d'això es la perllongació a travers de les valls del Freser i del Rigard d'una nova línia que comunicaria la línia de Sant Joan amb el Transpirinenc procedent de Frància a Puigcerdà i Latour de Carol.

Degut a això en els anys 20 ja es pensava en electrificar la línia, primerament a la part més dura, posteriorment en la seva totalitat. L'electrificació es posa en funcionament el 1928, curiosament a 1500 volts (mentre que a Pajares Nord va optar pels 3000 volts).

El traspàs de tracció del vapor a l'electricitat va arribar tant d'hora que pràcticament a la línia només ha hagut tracció diésel de forma puntual. D'aquesta forma les locomotores elèctriques van prendre el relleu d'aquelles vaporoses a la línia de Sant Joan, ja que a la del transpirinenc la tracció vapor va ser testimonial durant la seva construcció.

Encara es manteina una important circulació de mercaderies, però ja s'albirava el decliu de la mateixa (alguns especialistes argumentaren que ja es veia a venir quan Nord va comprar FCMSJ), i es començaven a tenir trànsits de mercaderies i viatgers internacionals entre les xarxes espanyola i francesa. Comença a sobresortir el servei de viatgers amb l'adquisició de les primeres unitats de viatgers (els 300 o "pingüins") autopropulsades. En aquesta línia va treballar sempre unes petites locomotores de la sèrie 1000 a la zona més desfavorable, el que va provocar que fossin la imatge característica de la línia (a la vessant francesa, les seves germanes de la Companyia del MIDI) amb els seus tren del tipus òmnibus de dos otres cotxes de viatgers i un furgó.

A partir dels anys 60 el trànsit de les mines decau i finalment es tanquen les mines. El trànsit de viatgers puja a 18 trens fins el final de la línia, el que produeix un fenòmen extrany avui dia. Els trens semidirectes que enllaçaven les grans problacions i no paraven en segons quines estacions i baixadors, realitzaven el recorregut en tres hores i mitja (157 kilómetros).

A la darrera etapa es tanquen algunes importants infraestructures de la antiga companyia del Nord per normalitzar el trànsit de ferrocarril per la ciutat de Barcelona. Desapareix l'estació de Vilanova i els tallers de Sant Andreu per unir mitjançant un branc la línia per la Plaça de Catalunya a Sants i acavar el servei a l'estació de l'Hospitalet.

A partir de llavors el motor de la línia és el trànsit de viatgers i, encara que aquesta línia fos inclosa en el Contrato Programa dels anys 80 pel seu tancament, es va lliurar del mateix i desprès de diverses modernitzacions ha continuat fent servei augmentant el nombre de viatgers fins els nostres dies.